各位老铁们好,相信很多人对bioperl安装失败都不是特别的了解,因此呢,今天就来为大家分享下关于bioperl安装失败以及biomanager 安装失败的问题知识,还望可以帮助大家,解决大家的一些困惑,下面一起来看看吧!
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如何检查BioPerl是否正确安装Bioperl安装如何检查BioPerl是否正确安装为了检查BioPerl是否安装正确,我们可以使用perldoc命令来看一下。如果你是Linux系统,随意打开一个终端;如果用的是Windows系统,那么打开命令提示符。输入以下命令:perldocBio::SeqIO以上命令的作用是查看Bio::SeqIO模块的文档是否存在,如果存在,则会有相应的文档输出,则你安装Bio::SeqIO模块;如果没有,说明Perl找不到该模块,你还没有安装Bio::SeqIO模块。引物Bio::SeqIO是BioPerl的基础模块,所以,你懂的,其它的一些模块也可以的,比如Bio::SeqBio::SearchIO等等。此外,对于Perl的其它模块是否正确安装,也可以用perldoc命令检查一下。比如Bio::Graphics模块,并不保护在BioPerl的“安装包”内,所以对于要使用Gbrowser的同学来讲,需要手动安装该模块。新年到了,祝看到这篇文章的同学新年快乐。Happynewyear!再看看
Bioperl安装安装condainstall-cbiocondaperl-bioperl
安装完成如果不能正常调用bioperl出现Can‘tlocateBio/Perl.pmin@INC等报错,则需要配置一下@INC。
配置方法首先找到Perl.pm装在哪里
find./-name"Perl.pm"./miniconda3/lib/perl5/site_perl/5.22.0/Bio/Perl.pm
然后配置路径exportPERL5LIB=/home/data/vip9t13/miniconda3/lib/perl5/site_perl/5.22.0/
查看是否设置成功perl-wle'printfor@INC'
最后修改一下~/.bashrc文件就可以了
好了,本文到此结束,如果可以帮助到大家,还望关注本站哦!
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